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東京都環境科学研究所は、自動車排出ガスの削減対策や有害化学物質による大気汚染の低減対策に関する研究、都市排水の環境影響に関する研究、ダイオキシン類など化学物質の分析方法の開発等、環境行政の推進に必要な科学的調査研究を行っています。
また、民間で開発した自動車排出ガス低減装置等の性能試験も受託事業として実施しています。さらに、自然環境・地球環境の保全、循環型社会づくりなど、近年の環境問題の変化に対応するため、ヒートアイランド現象の解明や対策の効果検証等の新たな課題にも積極的に取り組んでいます。
なお、東京都環境科学研究所は、平成19年度から財団法人東京都環境整備公社に移管されました。
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